وبلاگ
طراحی پرایمر و Probe
مقدمه
طراحی پرایمر و پروب، هستهٔ موفقیت در روش‌هایی مانند PCR ،qPCR و تعیین توالی هدفمند است. انتخاب توالی مناسب تعیین‌کنندهٔ حساسیت، اختصاصیت و قابلیت تکثیر واکنش است.
تاریخچه و شکل‌گیری
از کشف پلیمرازها و توسعهٔ PCR (C. K. Mullis، 1983) آغاز و با معرفی پروب‌های اختصاصی (TaqMan و Molecular Beacons) تکامل یافت.
اسامی کلیدی
Kary Mullis (PCR)، پروب‌های TaqMan (Applied Biosystems تیم توسعه)، توسعه‌دهندگان ابزارهای بیوانفورماتیک طراحی پرایمر (Primer3 و بعدی‌ها).
اصول طراحی
طول و Tm مناسب، محتوای GC، اجتناب از دایمر/هترودایمر، فاصلهٔ پرایمر‌ها، طراحی پروب با مساحت همپوشانی مناسب و اجتناب از ساختارهای ثانویه.
ابزارها و تغییرات اخیر
نرم‌افزارهای طراحی خودکار (Primer3، NCBI Primer-BLAST)، الگوریتم‌های بهینه‌سازی Tm، طراحی پرایمر برای PCR دیجیتال و multiplexing، و ابزارهای کنترل اختصاصیت در برابر ژنوم کامل.
بازارکار و چشم‌انداز
مهارت در طراحی پرایمر برای مراکز تشخیصی، داروسازی، شرکت‌های توسعه kit تشخیصی و آزمایشگاه‌های تحقیقاتی بسیار موردنیاز است؛ رشد آزمون‌های مولکولی و PCRهای نقطه-of-care تقاضا را افزایش می‌دهد.
منابع پیشنهادی
کتاب‌های مرجع مولکولی و روش‌های آزمایشگاهی، مستندات Primer3 و NCBI Primer-BLAST، مقالات مروری دربارهٔ qPCR و دیجیتال PCR.
